Arx Fatalis swymi podstawami nawiązuje bezpośrednio do klasyki gatunku cRPG – Ultimy Underworld. Akcja przenosi nas do fantastycznej i przepełnionej magią planety – Arx. Jest to świat pozbawiony słońca i jego życiodajnej energii, a przez to samego życia. Jednak sytuacja ta dotyczy tylko powierzchni planety. Mieszkańcy planety przenieśli się z jej powierzchni do olbrzymich podziemnych kompleksów położonych blisko rdzenia planety, który dostarcza ciepła, tak potrzebnego do rozwoju życia.

I właśnie w więziennej celi jednego z takich kompleksów bohater gry (gracz) zaczyna swoją przygodę. Co gorsza zaczyna ją nie pamiętając kim jest ani dlaczego się znalazł w tym miejscu. Zabrawszy kość z ciała jednego ze zmarłych już współwięźniów wyrusza na poszukiwanie informacji o sobie oraz o tym, co spowodowało jego pobyt w niewoli. Jego poszukiwania zaczynające się tak niewinnie sprawią, że stanie się on głównym herosem sił Dobra, w walce z tajemniczą sektą religijną pragnącą sprowadzić na Arx boga Chaosu zwanego Akbaa.