Silent Hill 3 to trzecia, i jak twierdzą autorzy, najbardziej ambitna część uznanego cyklu horrorów Silent Hill. Pod wieloma względami różni się ona od poprzedniczek, zarówno, jeżeli chodzi o jakość wykonania jak i złożoność fabuły. Podstawową rzeczą odróżniającą trzeciego Silent Hilla od dwójki i jedynki, jest postać głównego bohatera. Poprzednio gracz kierował poczynaniami mężczyzn w wieku około 30 lat, tym razem ma okazję pokierować ruchami 17-letniej dziewczyny o imieniu Heather.

Akcja rozpoczyna się w momencie, gdy nasza bohaterka – w jednej chwili znajdowała się w zwyczajnym centrum handlowym, a w następnej w alternatywnej i niezwykle niebezpiecznej rzeczywistości, pełnej śmiercionośnych kreatur rodem z najstraszniejszego horroru. W czasie gry poruszamy się po dwóch głównych obszarach, na początku w mieście, w którym mieszka Heather wraz z ojcem, a następnie w tytułowym miasteczku Silent Hill, naturalnie zgodnie z tradycją serii wszystko w dwóch wersjach, tej normalnej, rzeczywistej i tej potwornej, wyimaginowanej. Stopniowo krok po kroku rozwiązujemy zagadkę kryjącą się za owym potwornym światem oraz tajemniczym kultem i jego dążeniem do wskrzeszenia dawnego, okrutnego boga.